Đầu tháng 7 năm 1941, lần đầu tiên cư dân Ponary nghe thấy tiếng súng phát ra từ địa điểm hành quyết.[165] Khi ấy, nơi này vẫn chưa được bảo vệ chặt chẽ. Một người Ba Lan địa phương còn lọt được vào trong và dễ thấy dấu vết giết chóc bị che giấu không quá cẩn thận.[166]

Cùng lúc, lính vận tải Wehrmacht đóng quân gần Ponary nhận thấy dòng người Do Thái bị dẫn đi cũng như tiếng súng vọng ra từ khu rừng. Do tò mò, một số người đã tìm đến địa điểm và trở thành nhân chứng trực tiếp. Một trong số đó thậm chí còn chụp vài bức ảnh, đó chính là bằng chứng ghi lại tội ác Ponary còn giữ được sau chiến tranh.[167]

Các nạn nhân bị lừa rằng đang đi đến trại lao động cưỡng bức.[168] Báo cáo nhân chứng cho thấy vào mùa xuân năm 1942, nhiều người bị kết án tin vào điều này.[169] Tuy nhiên theo thời gian, người ta nhận thức nhiều hơn sự thực về Ponary. Một nhân chứng kể lại có lần mẩu bao thuốc lá được ném ra từ xe tải chạy đến địa điểm, trên đó viết bằng tiếng Ba Lan "jedziemy na śmierć z Łukiszek" nghĩa là "chúng tôi đang từ Łukiszeki đi đến chỗ chết".[170]

Tháng 7 và tháng 8 năm 1941, dân Do Thái ở Vilnius vẫn đinh ninh quân Đức đưa người thân mình đến trại cưỡng bức lao động, "ghetto số 3 tại Ponary" hoặc đến Minsk. Đầu tháng 9, sáu phụ nữ Do Thái bị thương nhẹ đến được Vilnius. Họ là những người sống sót sau đợt hành hình tại Ponary, nằm dưới những xác chết rồi trốn ra. Nhân viên bệnh viện Do Thái giữ bí mật cho họ, không để lộ cho quân Đức. Tiếp đó, những người sống sót khác cũng trốn về được khu Do Thái. Judenrat của "ghetto lớn" do Jakub Gens đứng đầu đã thành công trong việc ngăn chặn thông tin diệt chủng lan truyền ra.[171] Rất có thể họ cho rằng không còn cách nào cứu được những người Do Thái đã nằm trong tầm ngắm, nhưng ít ra có thể cứu được số người đang buộc phải phục vụ cho quân Đức. Như vậy họ đã quyết định trung thành với quân chiếm đóng và ngăn chặn những bất ổn phương hại đến số người còn lại đang sống trong ghetto. Đến tận cuối năm 1941 đầu năm 42, dân chúng ghetto mới bắt đầu biết về thảm sát Ponary.[172] Ngày 31 tháng 12, các nhà hoạt động thanh niên phục quốc Do Thái tổ chức buổi họp công khai trong nhà bếp đường Straszuna. Bản thông báo đọc lên xác nhận những người bị đưa khỏi ghetto đã bị giết tại Ponary và kêu gọi thanh niên Do Thái đứng lên đấu tranh.[173]

Tháng 10 năm 1941, tổ chức thanh niên Do Thái Dror và Hashomer Ha-Cair từ ghetto Warszawa dùng giao liên hướng đạo viên Ba Lan Henryk Grabowski kết nối được với ghetto Vilnius. Đó là lần đầu tiên tội ác diệt chủng Do Thái lọt ra ngoài vùng Vilnius.[174] Cuối tháng 10, Israel Chaim Wilner lên đường tới Warszawa, đến tháng 12, các đại diện thanh niên phục quốc Do Thái vùng Vilnius cũng có mặt.[175] Họ xác nhận thông tin diệt chủng, đồng thời bổ sung thông tin địa điểm hành quyết chính là Ponary. Các thông tin này được Oneg Shabbat ghi lại.[176] Thông tin thảm sát người Do Thái ở Vilnius rất có thể dựa trên lời kể của Wilner, rồi được công bố cuối tháng 10 năm 1941 trên tạp chí ngầm "Neged ha-Zerem" do Hashomer Ha-Cair xuất bản tại khu ghetto Warszawa.[177] Tuy nhiên, giới lãnh đạo Do Thái Warszawa nghi ngờ thông tin diệt chủng tại Ponary, Vilnius cũng như Kresy trong thời gian dài, mà không ngờ đó là khúc dạo đầu cho Holocaust.[178][179] Chủ tịch Judenrat ở Grodno Dawid Brawer cũng hành xử tương tự khi nghe He-Chaluc thông tin về tội ác Vilnius và Ponary cuối năm 1941.[180]

Tháng 4 năm 1942, Tổ chức Đảng thống nhất (פֿאַראײניקטע פּאַרטיזאַנער אָרגאַניזאַציע‎ - Fareynikte Partizaner Organizatsye - FPO) hoạt động tại ghetto Vilnius đã cử phái đoàn 3 người đến ghetto ở Białystok và Warszawa. Nhiệm vụ là cung cấp thông tin văn bản về những người sống sót trong các vụ hành quyết Ponary. Đồng thời FPO cảnh báo Đức đang tiến hành hủy diệt người Do Thái và kêu gọi tất cả dân Do Thái đấu tranh vũ trang. Ba thông tin viên này đến được ghetto Białystok, nhưng trên đường đi Warszawa thì bị bắt tại ga xe lửa Małkinia. Họ bị xử tử tại Pawiak vài tháng sau đó.[181] Mùa thu năm 1942, các phái viên FPO cũng thất bại khi định vượt qua chiến tuyến nhằm thông báo cho chính quyền Liên Xô biết về thảm sát dân Do Thái tại Ponary.[182]

Tội ác Ponary đều được đưa vào báo cáo của Chính phủ ngầm Ba Lan.[183] Tình báo Ba Lan cố gắng thu thập thông tin hành quyết nhiều nhất có thể.[184] Quân Armia Krajowa tại Vilnius đưa những thông tin này vào truyền đơn và tờ rơi.[185] Tháng 6 năm 1942, vụ giết hại 1.000 người Do Thái ở Ponary xuất hiện trên tờ The New York Times và London Evening Standard.[186]